Woocommerce

Se trata de un plugin para WordPress. Que te permite convertir tu pagina web en una tienda online, y mantener todas las ventajas que te ofrece wordpress. Es uno de los sistemas mas utilizados en este momento.

http://www.woothemes.com/woocommerce/

Prestashop

Es la tienda online de moda. Ha desbancado en popularidad a toda su competencia y de seguro por buenas razones:

http://www.prestashop.com/es/

Magento

Es otro de los pesos pesados del mercado de tiendas online. Tiene sus fanaticos defensores, pero tambien es cierto que es mas complejo de configurar que Prestashop. Pero si quieres la tienda “Perfecta” quizas sea la mejor opcion.

Oscommerce

Por años lidero el sector, y ha ido perdiendo presencia en favor de prestashop.  Es gratuito y verdaderamente potente. Facil de configurar y amigable.
Toda la documentacion la encuentras en http://oscommerce.com/ y si deseas ver algunas tiendas de ejemplo puedes visitar su seccion de comercios en:
http://www.oscommerce.com/shops/live con mas de 1400 tiendas online donde puedes hacerte una idea de las cosas
que se pueden hacer con este potente software

Zen-Cart

Informacion completa la encuentras en
http://www.zen-cart.com/modules/frontpage/ y tiendas de ejemplo en: http://www.zen-cart.com/modules/showcase/

CubeCart

Informacion completa en :
http://cubecart.com/site/home/ , Tiendas de ejemplo en: http://cubecart.com/site/livestores/